به دنبال اظهارات رئیس سازمان غذا و دارو درباره اینکه وضعیت بی حساب و کتاب ورود کالا در گمرک کار اشتباهی بود و بندر بیروت یک نمونه از آن است، گمرک ایران در واکنشی کنایه آمیز اعلام کرده است «ضمن تشکر از حساسیت جنابعالی امید است با رصد لحظه ای این مرجع بر اقلام مرتبط وارده شاهد اتفاقات و تبعات ناگواری در این خصوص نباشیم.»
در جریان حواشی دپوی ۱۳۰۰ تن سرم وارداتی در گمرک و عدم تعیین تکلیف آن از سوی سازمان غذا و دارو، اختلاف نظرهای بین این دو سازمان واکنشهای متفاوتی به همراه داشته است، این در حالی است که به تازگی شانه ساز -رئیس سازمان غذا و دارو- ورود و دپوی ۱۳۰۰ تن سرم که در دو ماه گذشته وارد گمرک شده را رد کرده و آن را متعلق به سال ۱۳۹۵ دانسته است.
وی البته در اظهاراتش گفته بود که «اتفاقی که در بندر بیروت افتاد باید برای همه ما درس عبرت باشد که ممکن است بدون هیچ ضبط و ثبتی محموله‌هایی وارد گمرک ما کنند و اتفاقی اعم از بیولوژیک یا اتفاقاتی مانند بندر بیروت رخ دهد.
این در حالی است که گمرک ایران در مکاتبه‌ای با سازمان غذا و دارو به ابهامات مطرح شده از سوی این سازمان پاسخ داده است.
معاون فنی گمرک با اشاره به مباحث مطرح شده در مورد تکرار اتفاق بندر بیروت گفته است که «ضمن تشکر از حساسیت جنابعالی نسبت به این موارد امید است از این پس با رصد لحظه ای آن مرجع و نظارت بر اقلام مرتبط وارده به انبارهای مراجع تحویل گیرنده با استفاده از اطلاعاتی که در اختیارشان قرار دارد شاهد اتفاقات و تبعات ناگواری در این خصوص نباشیم.»
در این مکاتبه در رابطه با اعلام سازمان غذا و دارو مبنی بر عدم دسترسی به اطلاعات اقلام دارویی تاکید شده است «با عنایت به امکان استفاده از اطلاعات مراجع تحویل گیرنده توسط وزارت بهداشت از طریق سازمان جامع تجارت ، مسئولیت اظهارنظر و تعیین تکلیف اقلام سلامت محور با توجه به تخصصی بودن موضوع برعهده آن مرجع بوده و سازمان گمرک نیز آمادگی کامل خود را جهت همکاری برای تعیین تکلیف مواردی که از سوی وزارت بهداشت منعکس خواهد شد اعلام می کند.»
در بخش دیگری از این مکاتبه گمرک به سازمان غذا و دارو در رابطه با دسترسی برخط اطلاعات از طریق سامانه جامع تجارت یادآوری و اعلام کرده که وزارت بهداشت می‌تواند با هماهنگی با متصدیان سامانه تجارت و شرکت انبارهای عمومی نسبت به اخذ اطلاعات اقدام کند.
